Vi rút đậu mùa khỉ được đặt tên khi phát hiện lần đầu tiên vào năm 1958, trước khi các phương pháp hay nhất hiện nay trong việc đặt tên bệnh và vi rút được thông qua. Tương tự như vậy đối với tên bệnh mà nó gây ra. Các biến thể chính được xác định bởi các khu vực địa lý nơi chúng được biết là lưu hành.
Thực tiễn tốt nhất hiện nay là các loại vi rút mới được xác định, bệnh liên quan và các biến thể vi rút nên được đặt tên với mục đích tránh gây xúc phạm cho bất kỳ nhóm văn hóa, xã hội, quốc gia, khu vực, nghề nghiệp hoặc dân tộc nào và giảm thiểu bất kỳ tác động tiêu cực nào đến thương mại , du lịch, du lịch hoặc phúc lợi động vật.
Dịch bệnh : Việc gán tên mới cho các bệnh hiện có là trách nhiệm của WHO theo Phân loại bệnh quốc tế và Gia đình các phân loại liên quan đến sức khỏe quốc tế của WHO (WHO-FIC). WHO đang tổ chức một cuộc tư vấn mở để đặt tên bệnh mới cho bệnh đậu khỉ. Bất kỳ ai muốn đề xuất tên mới đều có thể làm như vậy tại đây (xem ICD-11, Thêm đề xuất).
Vi rút : Việc đặt tên các loài vi rút là trách nhiệm của Ủy ban Quốc tế về Phân loại vi rút (ICTV), tổ chức này đang tiến hành một quy trình đặt tên cho vi rút đậu mùa khỉ. 
Biến thể / chủng tộc: Việc đặt tên các biến thể cho các mầm bệnh hiện có thường là kết quả của cuộc tranh luận giữa các nhà khoa học. Để xúc tiến thỏa thuận trong bối cảnh bùng phát dịch bệnh hiện nay, WHO đã triệu tập một  cuộc họp đột xuất  vào ngày 8 tháng 8 để tạo điều kiện cho các nhà virus học và các chuyên gia y tế công cộng đạt được sự đồng thuận về thuật ngữ mới.
 

Các chuyên gia về vi rút đậu mùa, sinh học tiến hóa và đại diện của các viện nghiên cứu trên toàn cầu đã xem xét phát sinh loài và danh pháp của các biến thể hoặc nhóm vi rút đậu mùa khỉ mới và đã biết. Họ đã thảo luận về các đặc điểm và sự tiến hóa của các biến thể virus đậu mùa khỉ, sự khác biệt rõ ràng về phát sinh loài và lâm sàng của chúng cũng như những hậu quả tiềm ẩn đối với sức khỏe cộng đồng cũng như nghiên cứu về virus học và tiến hóa trong tương lai.
Nhóm đã đạt được sự đồng thuận về danh pháp mới cho các nhóm vi rút phù hợp với các phương pháp hay nhất. Họ đã đồng ý về cách thức vi rút xâm nhập nên được ghi lại và phân loại trên các trang web lưu trữ trình tự bộ gen.
Sự nhất trí đạt được hiện nay gọi nhóm lưu vực Congo (Trung Phi) trước đây là Nhóm một (I) và nhóm Tây Phi trước đây là Nhóm hai (II). Ngoài ra, người ta đã đồng ý rằng Clade II bao gồm hai lớp con.
Cấu trúc đặt tên thích hợp sẽ được thể hiện bằng chữ số La Mã cho nhóm và ký tự chữ và số viết thường cho các lớp con. Do đó, quy ước đặt tên mới bao gồm Clade I, Clade IIa và Clade IIb, với tên gọi thứ hai chủ yếu đề cập đến nhóm các biến thể phần lớn lưu hành trong đợt bùng phát toàn cầu năm 2022. Việc đặt tên cho các dòng họ sẽ được các nhà khoa học đề xuất khi dịch bệnh bùng phát. Các chuyên gia sẽ được triệu tập lại khi cần thiết.
Các tên mới cho các nhóm sẽ có hiệu lực ngay lập tức trong khi vẫn tiếp tục nghiên cứu các tên bệnh và vi rút.